Система маркировки предусматривает нанесение на каждую единицу продукции кода маркировки, преобразованного в средство идентификации. Этот код помогает отследить путь товара от завода до покупателя, так как в нем зашифрована вся информация о товаре - где, когда и кем он произведен, состав и срок годности. Все маркированные товары проходят через национальную единую систему маркировки товаров «Честный знак». Ее регулирует Центр развития перспективных технологий. Система отслеживает не только оборот молочной продукции, но и всех товаров, которые подлежат обязательной маркировке.

На территории Алтайского края действует 68 предприятий по переработке молока, треть из них уже прошли регистрацию на официальном сайте национальной системы маркировки товаров. Это предприятия объединения «Столица молока», общества с ограниченной ответственностью «Алтайская буренка» (Зональный район), «Алтайхолод» и «Любава» (Барнаул), «Брюкке», (Немецкий национальный район), «Кипринский МСЗ» (Шелаболихинский район) и «Холод» (Заринский район), а также акционерное общество «БМК» и индивидуальный предприниматель Владимир Емелин (Барнаул).

Молокоперерабатывающие предприятия края изучают информацию по внедрению маркировки молочной продукции, а также прорабатывают технические решения по приобретению оборудования для нанесения и сканирования марок.